探讨最强阵容需要理解其核心在于输出、控制与续航能力的精妙平衡。一套顶尖的阵容并非单纯堆砌强力忍者，而是讲究技能间的联动与战术配合，例如通过高连击追打链实现爆发伤害，或是利用结界与护盾效果巩固攻防体系。阵容的强度游戏环境与新忍者的登场而动态变化，因此培养灵活多变的搭配思路比追求一套固定阵容更为重要。玩家需要根据自己拥有的忍者库，围绕一至两名核心输出或辅助角色进行构建，同时考虑查克拉循环、状态免疫与伤害减免等实战细节，才能组建出适应多种战斗场景的强力队伍。
具备强大阵营伤害、稳定控制或独特增益机制的SS级忍者往往是构筑阵容的基石。拥有全面辅助能力的忍者可以为小队提供护盾、额外普攻并降低敌方抗性，显著提升整体生存与输出效率。而一些顶尖的输出忍者则具备每回合释放奥义的可能，其技能不仅能造成可观的直接伤害与易伤效果，还附带打断与状态限制，在战斗中能持续施加压力。将这类核心忍者与能够形成追打配合、提供查克拉支持或施加特殊控制的伙伴搭配，便能产生强大的化学反应。
主角的选择是阵容定调的关键，不同主角的天赋与奥义决定了队伍的流派走向。风主凭借奥义刷新机制，能加速技能循环，配合以追打和控制见长的忍者，可以打出流畅的连续攻势。雷主则偏向于暴力输出，其技能组合能极大强化体术忍者的爆发能力，适合组建速攻阵容。水主在叠毒与治疗解控方面有独特优势，而火主在提供续航与增益方面也有其用武之地。新手玩家通常可以从风主或雷主的体系入手，对游戏理解的加深，再尝试开发其他主角的潜力阵容。
阵容的构建还需关注饰品搭配与站位策略，这些细节同样影响实战发挥。输出核心通常优先选择增加暴击、连击收益或奥义伤害的饰品套装，以最大化伤害能力；辅助或生存位则更适合配备提升血量、抗性或提供护盾的饰品，保证其能持续发挥作用。在站位上，需要根据敌方阵容进行针对性布置，例如将核心输出放在后排以避免被集火，或是采用密集站位抵御单点突破。在竞技对抗中，根据对手特点临时调整阵容配置与通灵兽选择，是取得胜利的重要环节。
最强阵容的概念更侧重于性价比与长期养成。一些通过剧情或活动较易获取的经典忍者组合，在合理培养下同样能发挥出强大战力。这类阵容往往攻守兼备，虽然后期上限可能不如全明星阵容，但成型快、稳定性高，足以应对游戏前期到中期的绝大多数挑战。玩家在成长过程中应优先集中资源培养阵容中的核心角色，并积极参与各类玩法积累资源，逐步向更顶级的忍者阵容过渡。
